Τα αυγά παράγονται από την κλοάκα των ωοπαραγωγών ορνίθων και οι εντερικοί μικροοργανισμοί προσκολλώνται στην επιφάνεια και ένας μεγάλος αριθμός παθογόνων βακτηρίων μολύνεται σε μολυσμένο περιβάλλον. Οι δειγματοληπτικές έρευνες έδειξαν ότι το 10 τοις εκατό των αυγών έφεραν σαλμονέλα στην επιφάνεια και το 64 τοις εκατό του E. coli στην επιφάνεια των αυγών υπερέβαινε σοβαρά το πρότυπο.
Οι μικροοργανισμοί και τα παθογόνα βακτήρια στην επιφάνεια του αυγού θα εισέλθουν στο αυγό μέσω αμέτρητων πόρων στο κέλυφος του αυγού και θα πολλαπλασιαστούν σε μεγάλες ποσότητες, επηρεάζοντας σοβαρά την ποιότητα του αυγού και προκαλώντας βλάβη στον καταναλωτή. Ο μόνος τρόπος για να αποφευχθεί η μόλυνση των αυγών είναι ο γρήγορος καθαρισμός και η απολύμανση μετά την παραγωγή του αυγού, η εξόντωση επιβλαβών βακτηρίων, η απομάκρυνση των ρύπων τους και η πλήρης εξάλειψη μιας ποικιλίας μικροβίων και επιβλαβών ουσιών που είναι αναπόφευκτες στη διαδικασία παραγωγής πουλερικών.
